La gestión de TRANSMILENIO S.A., tiene 3 elementos principales:

• La Gestión ambiental del Sistema:  Se relaciona con la gestión ambiental realizada en el Sistema Integrado de Transporte Público en sus componentes troncal y zonal, y con el control y seguimiento que se realiza al cumplimiento de las cláusulas ambientales contractuales que se encuentran involucradas en los procesos de gestión que realizan las empresas operadoras del Sistema.
• La Gestión ambiental institucional: Contempla los procesos de gestión ambiental que se realizan en las áreas que administra TRANSMILENIO S.A. (sede administrativa, portales y estaciones), conforme a su rol misional.
• Coordinación Interinstitucional: Contempla los procesos, mecanismos de comunicación y concertación y las interrelaciones que se establecen con las demás entidades del Distrito y con universidades, organismos y entidades de orden nacional e internacional que se relacionan con el Sistema.